Se desconoce la fecha exacta de su fundación, pero en el año de 1550, varias familias españolas se asentaron en la población de Jalpa a la que se designó cabecera de la Chontalpa. En 1665, doce pueblos se encontraban asentados en lo que es hoy este municipio. Desde mediados de 1676, y durante todo el año de 1677, sufrió constantes asaltos y saqueos de piratas.
La conversión de pueblo en villa se dió el 21 de diciembre de 1883. De acuerdo del Congreso del estado, el 31 de marzo de 1887, la villa de Jalpa se empieza a denominar Jalpa de Méndez y a partir del 28 de octubre de 1982, a todo el municipio se le denomina Jalpa de Méndez.
El palacio municipal empezó a construirse en 1904 y se concluyó a principios de 1910. La villa de Jalpa de Méndez fue elevada a la categoría de ciudad, el 26 de mayo de 1955.
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