Para el periodo 1939-1942 fue electo gobernador Francisco Trujillo Gurría, padre del ex gobernador Mario Trujillo García, apoyado por el antiguo PNR y ya Partido de la Revolución Mexicana (PRM) (actualmente PRI), y quien dejó en el camino a otro veterano de la revolución, Ernesto Aguirre Colorado, y al moderado Manuel Bartlett Bautista, de posición conciliadora.
Desde que en 1939 Trujillo Gurría al que se le conoció como “El Intocable”, asumió la gubernatura, se quejó del “lamentable estado de miseria” en que recibió la administración, con una deuda superior a los 500 mil pesos con la federación y la banca capitalizadora. Trujillo da el réquiem al régimen de Garrido, según su discurso del 1º de enero de 1940: «Fue más obra demagógica y falsa, que leal y constructiva».
El movimiento agrarista que había sido puntal de su virtual triunfo, obligó a Trujillo (1939-1942) a volver la vista hacia el campo. Atravesó ríos, selvas y pantanos para conocer las condiciones de vida de los campesinos en sus propias rancherías; sin embargo, la plaga del chamusco acabó con los platanares y lesionó la de por sí menguada economía que recibió. Le tocó enfrentar lo peor de la crisis platanera. La magnitud de la caída fue tal, que mientras en 1935 la producción de plátano alcanzó las 180 mil toneladas (40 por ciento de la producción nacional), en 1941 apenas se produjeron mil 500 toneladas. Las causas del derrumbe fueron la no adecuación de los suelos, la falta de cuidado en la densidad de los platanares, y las plagas del mal de Panamá y la sigatoka.
Esta situación obligó a los campesinos a la siembra de otros cultivos (maíz, arroz, frijol, café, yuca). Para cuando en 1942 comenzó la recuperación platanera, las condiciones de mercado internacionales no eran las mismas.
Pese a las dificultades que enfrentó, el gobierno de Trujillo Gurría dotó en 1939 de 400 mil hectáreas a cerca de 25 mil familias campesinas. Se ordenó la hacienda pública mediante el aumento de la recaudación, sin aumentar los tributos, sino mediante una férrea vigilancia fiscal para combatir la evasión.
En 1941 se reformó la Constitución y la ley de procesos electorales para aumentar de dos a tres años el periodo de los diputados y dividir en 17 distritos el estado para que cada municipio tuviera su representación, pues antes cada integrante del Congreso abarcaba dos localidades.
En materia de salud, el gobierno tuvo que hacer frente a los brotes de paludismo, uncinariasis y disenterías, y creó centros de higiene en algunos municipios.
En el libro Mi traición a la patria, de Carlos Madrazo Becerra en agosto de 1946, recordaba que en los últimos meses de 1942, por convenio expreso con el gobierno de Estados Unidos, México autorizó la salida de trabajadores mexicanos con el propósito de trabajar en aquel país, luego de que por la guerra »carecía de brazos».
La contratación de mexicanos se realizaba a través de la Secretaría del Trabajo, que expidió tarjetas a los braceros interesados. Sin embargo, relataba en su libro, empleados, inspectores, representantes de la Bolsa de Trabajo traficaron con esos documentos, así como
Francisco Trujillo Gurría; e indica que él y Florisel Pérez Nieto, abuelo de Floricel Medina Péreznieto, »jefaturaban la banda» dedicada al tráfico de tarjetas, que en ese año se vendieron »a 200 pesos cada una y que producían una fuerte utilidad.
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