Nació el 3 de septiembre de 1884, en Tingüindín, Michoacán, hijo de un maestro de escuela. Como su padre era cambiado con frecuencia de plantel, vivió en Zináparo, la Piedad de Cabadas, Purépero, Chilchota y Sahuayo, en donde concluyó su primaria e ingresó al seminario. Tradujo del latín a Ovidio, Horacio y Cicerón.
En 1906 se inició en la política de oposición al régimen porfirista mediante la fundación de periódicos y como corresponsal de «El Diario del Hogar» y «Regeneración«. En 1909 se declaró reyista y participó en la campaña de los claveles rojos, por lo que fue encarcelado. Al ser puesto en libertad, publicó «El 1910«, periódico que al poco tiempo fue clausurado.
Participó en los motines por el linchamiento del mexicano Antonio Rodríguez, acusado de homicidio de una norteamericana, que una horda de estadounidenses le prendió fuego en vida el 3 de noviembre de 1910 en Rock Springs, Texas, Estados Unidos.
El 18 de marzo de 1911, fue uno de los firmantes del Plan Político Social proclamado por los Estados de Guerrero, Michoacán, Tlaxcala, Campeche, Puebla y el Distrito Federal. Luego marchó a San Antonio, Texas, a entrevistarse con la Junta Revolucionaria que organizaba la lucha maderista. Regresó al país con armas y combatió en Chihuahua; con Pascual Orozco participó en la toma de Ciudad Juárez.

Al triunfo de Madero, no encontró trabajo en la ciudad de México. En 1912 Carranza lo nombró director general de Estadística en su gobierno en el estado de Coahuila; luego, lo mandó como observador de los sucesos de la llamada Decena Trágica. Al apoderarse de la presidencia Victoriano Huerta, participó en la redacción del Plan de Guadalupe, que suscribió a pesar de la negativa de Carranza a su propuesta de incluir demandas campesinas, obreras y otras reivindicaciones sociales, que según el Primer Jefe se dejarían para cuando la revolución triunfara. Sin embargo, Incorporado a las fuerzas de Lucio Blanco como jefe de su estado mayor, en 1913 Múgica participó en la Hacienda de Borregos en el primer reparto agrario efectuado en el norte del país, hecho por el que Carranza lo retiró del mando.
A la derrota de Huerta en 1914, ocupó la Administración de la Aduana de Veracruz. En 1915 fue presidente del Tribunal de Justicia Militar y después comandante militar y gobernador de Tabasco hasta 1916. Su gestión la caracterizó su política agraria: repartió los terrenos de El Chinal y armó a los campesinos para que defendieran sus tierras; suprimió las jefaturas políticas, fomentó la educación liberal y restituyó su nombre a Villahermosa, antes San Juan Bautista. Asimismo, ayudó a los revolucionarios guatemaltecos que trataban de derrocar a Manuel Estrada Cabrera, criminal presidente apoyado en los militares desde 1898.
En 1917, siendo diputado por Michoacán, integró con Heriberto Jara y Luís G. Monzón, el grupo radical o jacobino que dio el tono de izquierda a la nueva Constitución en sus artículos 3º sobre educación, 27 sobre la tenencia de la tierra y la propiedad nacional del subsuelo, 123 sobre los derechos de los trabajadores y 130 sobre la secularización de los bienes del clero.
En abril de 1920, se unió al Plan de Agua Prieta y asumió la gubernatura de Michoacán, en donde había organizado Defensas Sociales, grupos de trabajadores armados de manera separada del ejército, en contra de las guardias blancas de los terratenientes. El 4 de julio del mismo año, Múgica fue electo gobernador de Michoacán por el voto popular. Pero el otro candidato, Pascual Ortiz Rubio, no reconoció su triunfo, por lo que el general Cárdenas asumió provisionalmente la gubernatura. Con el apoyo tácito de Cárdenas, el 21 de septiembre siguiente, los partidarios de Múgica tomaron el palacio de gobierno y el 13 de abril de 1921 su gubernatura fue reconocida por Obregón.
Durante año y medio ejerció un gobierno basado en un movimiento de masas que intentaba la revolución social aun con las armas en la mano, cuyo instrumento de propaganda fue el periódico «El 123«. Un obrero fue el presidente municipal de Morelia.
En 1928 fue director del penal de las Islas Marías. En 1933, con el grado de Brigadier, fue nombrado inspector general del Ejército.
Durante el gobierno de Cárdenas, fue secretario de Economía (1934-35) y luego de Comunicaciones y Obras Públicas (1935-39). Influyó en la expropiación petrolera y redactó el «Manifiesto» o exposición de motivos en el que se informó al pueblo sobre el hecho. Con gran congruencia, cedió sus ahorros personales que ascendían a ocho mil pesos para el pago de la deuda petrolera. En 1939, se formó el Centro Pro Múgica para promoverlo como candidato a la presidencia por el Partido de la Revolución Mexicana, PRM, pero fue marginado de la contienda preelectoral porque lo consideraron radical y «trotskista» debido a que apoyó se diera asilo al revolucionario ruso. Al terminar su gestión como servidor público Múgica fue ascendido a general divisionario.
El candidato presidencial del PRM fue el general Manuel Ávila Camacho. “Múgica tenía demasiados enemigos como para poder unificar a México en los días difíciles que todos sabían estaban por venir”. (Michaels, ya citado). Entre sus más poderosos opositores estaba el mismo ejército y gobernadores militares. Para el presidente Cárdenas México debía enfrentarse como una nación unida a la amenaza mundial del fascismo.
Años después, el general Cárdenas escribirá: “la candidatura del general Múgica representó las tendencias radicales de la Revolución Mexicana: su definida convicción en materia educativa, su actitud combativa frente a la labor del clero y su indiscutible honradez habrían hecho de él un buen gobernante, pero las circunstancias del país no le fueron propicias.”
A partir del 8 de agosto de 1939, Múgica regresó al ejército como jefe de la Zona Militar de Michoacán.
En 1941 Múgica fue designado gobernador y comandante militar del territorio de Baja California Sur donde permaneció hasta 1945. En 1951 fundó el Partido Constitucionalista Mexicano, que no obtuvo registro oficial y se alió a la candidatura del general Miguel Henríquez Guzmán, lanzada por la Federación de Partidos del Pueblo Mexicano contra Adolfo Ruiz Cortines candidato del Partido Revolucionario Institucional, PRI, antes PRM. «Yo no soy político. Dicen los que se acercan a mí, que mi símbolo es el chayote: tengo espinas por todas partes» decía Múgica refiriéndose a su actitud siempre crítica.
Tras el triunfo de Ruiz Cortines en 1952, Múgica se retiró nuevamente a la vida privada. Murió en la ciudad de México, el 12 de abril de 1954.
El 17 de diciembre de 1984, el Congreso de los Estados Unidos Mexicanos, decretó: “ARTICULO UNICO.-Inscríbase en letras de oro, en lugar de honor del Recinto dela Honorable Cámara de Diputados, el nombre de FRANCISCO J. MUGICA”.
Fuentes: