José Encarnación Prats nació en la entonces Villahermosa de Tabasco el 25 de marzo de 1807. Fue hijo del matrimonio del Pablo Prats, Capitán de las Guardias Reales de Reus (Cataluña), y de Josefa Medina, natural de Islas Canarias. Pablo Prats era hermano de Teresa Prats, madre del ilustre General español Juan Prim, Vizconde del Bruch, Conde de Reus.
Federalista y agricultor.
Se casó con Mercedes Peralta, hija legítima de Joaquín Peralta y de Inés Gurría, de quien dejó un hijo llamado Lorenzo Prats, que falleció. Enviudó y se casó en segundas nupcias, con Josefa González, hija de Don Agustín González y de Doña Manuela Gurría, no tuvieron hijos.
Ocupó cargos públicos como
− Subvicegobernador, 1831.
− Prefecto del distrito de la Sierra, nombrado por el gobernador José Ignacio Gutiérrez, 1837.
− Subvicegobernador, 1847.
− Vicegobernador constitucional en 1848.
− Vicegobernador constitucional en 1860. Durante su gubernatura, Victorio Victorino Dueñas, éste dejó el cargo para participar en las siguientes elecciones para Gobernador, José Encarnación Prats Medina se hico cargo del gobierno del por cerca de un mes, del 22 de noviembre al 31 de diciembre de 1860.
Abandonó el poder al momento en que las tropas del gobierno de la República, al mando del jefe de escuadra, Tomás Marín, encargado de la comandancia, ocuparon San Juan Bautista, 13 de octubre de 1848.
Aunque la capital del estado era San Juan Bautista, Prats Medina despachó desde su domicilio particular en la villa de Santiago de Teapa por sus problemas de salud.
Retirado a la vida privada, José Encarnación Prats murió en Teapa, Tabasco, el 7 de agosto de 1873, a los sesenta y seis años de edad.

Fuente:
1.- Mestre Ghigliazza, Manuel. (1982) Gobernantes de Tabasco (1821-1914) Gobierno del Estado de Tabasco. P: 154-155, 208-209
2.-Piña Gutiérrez, Jesús Antonio (2014). Origen y evolución del Poder Ejecutivo en Tabasco, 1824. 1914. México, D.F. , UNAM, Instituto de Investigaciones Jurídicas Tabasco. Universidad Juárez Autónoma de Tabasco. P. 410