Agustín Ruiz de la Peña y Urrutia nació en el municipio de Cunduacán, Tab., el 28 de agosto, parece ser que de 1791; fue hijo de don Felipe Ruiz de la Peña y de doña Francisca de Urrutia, ambos españoles montañeses; se dice que durante su niñez fue apoyado por el sacerdote tabasqueño don José Eduardo de Cárdenas para que realizara sus estudios en la ciudad de Mérida, Yucatán.
Tabasco fue constituido como Estado el 31 de enero de 1824, oficialmente aceptado en la Unión el 7 de febrero de ese mismo año; en el Acta Constitutiva de la Federación, en el mes de mayo de 1824, se eligió e instaló el primer congreso constituyente del estado libre y soberano e independiente de Tabasco, el cual eligió en la sesión del 8 de mayo de 1824 a Ruiz de la Peña gobernador provisional de Tabasco, con el propósito de que convocara a elecciones con base a la Constitución que se iba a emitir.
Por desacuerdos con el ejecutivo federal, en diciembre de ese año, el Ministerio de Guerra giró órdenes para que se le aprehendiera, se trasladó a la Ciudad de México, donde estuvo consignado a la Sección del Gran Jurado de la Cámara de Diputados de febrero a mayo de 1825, regresó a Tabasco a inicios de agosto del mismo año y asumió la gubernatura provisionalmente; para esa fecha ya había sido expedida la convocatoria para elecciones de gobernador, participó en ellas y triunfó.

En apego a la Constitución tomó posesión como primer gobernador constitucional de Tabasco el 10 de agosto de 1825; en septiembre del mismo año, por decisiones desconocidas, Ruiz de la Peña dejó el poder en manos del vicegobernador Juan González Alfaro quien gobernó aproximadamente un mes, retomando el poder don Agustín en octubre del mencionado año; en noviembre de 1826 dejó el poder a Marcelino Margalli quien gobernó Tabasco hasta el 24 de enero de 1827, fecha en que se reincorporó Ruiz de la Peña.
Por actos ilegales que se le imputaron al efectuarse las elecciones de diputados locales, Ruiz de la Peña fue suspendido por el Congreso el 2 de agosto de 1827, por lo cual tuvo que ocupar el cargo de gobernador el centralista Marcelino Margalli, quien fungía como vicegobernador.
En 1829, durante el gobierno de Santiago Duque de Estrada hubo elecciones para renovar el poder ejecutivo, resultó electo Ruiz de la Peña quien asumió la gubernatura en; sin embargo, en el mes de noviembre, los conservadores tabasqueños que estaban liderados por Santiago Duque de Estrada suscitaron una rebelión la cual desconocía al gobernador y al congreso logrando tomar la ciudad capital y por consecuente apresaron a Ruiz de la Peña, el cual se llevaron a Campeche. Ante este acto, Fernando Nicolás Maldonado quien comandaba un ejército federalista, agrupándose en Santiago de Teapa, decidieron atacar la capital del estado en la que derrotaron a los conservadores, don Agustín estuvo en prisión hasta 1831 y regresó a Tabasco a continuar con su gobierno.
Ante tal derrota, los conservadores pidieron ayuda a Yucatán, estado que había adoptado el centralismo, en enero de 1830 el gobierno yucateco envió un batallón conformado por 300 hombres al cargo del general Sebastián López de Llergo, dicha invasión de ese ejército es llamada “Primera Invasión de los Chenes”, con lo que lograron tomar la capital del estado, en lo que pudieron apresar al gobernador Agustín Ruiz de la Peña, el cual se lo llevaron a Campeche y estuvo ahí hasta 1831, en dicho acto tomó posesión como gobernador el centralista Pedro José García.
Ruiz de la Peña en plena guerra civil se unió a este movimiento iniciado por Fernando Nicolás Maldonado en contra del que era entonces gobernador José Ignacio Gutiérrez, Maldonado al ver la resistencia que presentaban los centralistas en la capital del estado, decide formar un sitio a la ciudad desde los municipios de Cunduacán, Frontera y Macuspana, poniendo al frente del ejército federalista en Cunduacán a Ruiz de la Peña.
Posteriormente de grandes batallas, en noviembre (1840), el ejército liberado por Maldonado y Ruiz de la Peña lograron entrar a la capital tabasqueña, entre distintas batallas calle por calle lograron rendir a José Ignacio Gutiérrez. Después de esto, asumió el poder del estado provisionalmente Juan Pablo Anaya, el cual ordenó la creación de una junta electoral con la que se designaría al nuevo gobernador del estado.
En diciembre de 1840, en votaciones de la junta electoral designó de nueva cuenta a Agustín Ruiz de la Peña como gobernador provisional del estado, cargo que asumiría el seis de diciembre, sin embargo, a unos pocos días llegó a la capital del estado una escuadra de buques texanos al mando del Comodoro E. W. Moore, los cuales reclamaban un pago acordado con Juan Pablo de Anaya por haber ayudado a la causa liberal, y de no recibir dicho pago atacarían la ciudad; dicha amenaza y la falta de recursos para hacer esos pagos motivó a Ruiz de la Peña renunciar al cargo, lo cual originó que fuera sustituido por el campechano Pedro Requena Estada, quien afronto a los texanos pero sería derrocado unos días después por Juan Pablo Anaya.
Agustín Ruiz de la Peña no solo fue gobernador, también fue senador de la república por Tabasco en 1834, consejero de la junta de gobierno y diputado local del congreso de Tabasco de 1846 a 1847.
Falleció a los 77 años de edad, en su hacienda “La Luz”, ubicada en la ribera de Río Seco, jurisdicción del municipio de Cárdenas, el 24 de febrero de 1868; estuvo casado con doña María de la Leche Rizo.