Nació en la hacienda Buena Vista, Macuspana, Tab., el 2 de agosto de 1888. Hijo de Calixto Nació Ramírez y de Carlota Garrido Lacroix. Cursó la primaria en el Colegio Santa María de Guadalupe, en San Juan Bautista (hoy Villahermosa).
En Tehuacán cursó teneduría de libros. De inquietudes políticas y periodísticas tempranas, envió sus primeros artículos a El Campo Libre, pequeño periódico que se publicaba en México y a La Voz de Juárez, del que más tarde fue redactor. Alberto Correa leyó una página histórica suya, lo que le valió que éste se convirtiera en su protector y lo ayudara a ingresar en la Escuela Normal de Profesores. Al poco tiempo de haber fallecido Alberto Correa, dejó la Normal y pasó a la Escuela Magistral Militar de Esgrima y Gimnasia. Periodista de combate, fundó El Siglo XX, diario de oposición al gobierno del presidente Díaz. Correligionario de los hermanos Flores Magón, colaboró en los periódicos El Ahuizote y Regeneración.

Se afilió al Partido Antimilitar Constitucionalista y al Partido Antirreeleccionista e intervino en las manifestaciones estudiantiles de noviembre de 1910. Uno de los líderes del movimiento juvenil denominado Complot de Tacubaya en México. En la Revolución de 1910, estuvo al lado del gobernador del estado de Campeche, Dr. Manuel Castillo Brito. Participó en el ataque al periódico The Mexican Herald.
Por esos motivos, se le redujo a prisión en la cárcel de Belén; alcanzó su libertad en enero de 1911. En Tabasco, se unió a los revolucionarios maderistas que encabezaba Ignacio Gutiérrez Gómez. Desarrolló actividades revolucionarias en el estado de Jalisco. Exiliado por algún tiempo en La Habana, Cuba, regresó al país para combatir al huertismo y se hizo miembro de la Casa del Obrero Mundial. Ramírez participó de modo activo en el Congreso Feminista que el Gral. Salvador Alvarado, en su calidad de gobernante, organizó en 1916. En 1918, exhortó a la mujer para que lograra su purificación y gloria fuera de los cánones.
Trató el asunto del feminismo en una serie de artículos en el semanario Acción Mundial. Miembro de la Sociedad Mexicana de Geografía y Estadística. Se le conoce como el ideólogo del Decreto de abolición de la servidumbre adeudada en su estado natal y la supresión del impuesto personal que firmó el carrancista Luis Felipe Domínguez, el cual le dio contenido ideológico al movimiento armado que hasta entonces sólo podía apreciarse como político. Las causas que hacían necesaria la Revolución en el estado fueron explicadas en un discurso que José Domingo leyó la noche del 15 de septiembre de 1914.
En la administración pública tuvo diversos cargos:
Director de Educación Pública en Yucatán por cinco años, durante el gobierno de Salvador Alvarado; Subsecretario de Gobierno en el estado mientras regía Francisco Múgica. Además, fue Diputado federal en las legislaturas XXVII y XXIX del Congreso de la Unión. Diputado local en su estado. Inspector general de Policía en la ciudad de Mérida, en 1920. Secretario General de Gobierno en el estado, en el régimen de Carlos Greene. En 1923, Director del Colegio Militar, cargo al que renunció para afiliarse a la rebelión delahuertista el mismo año. Al fracaso de ese movimiento, se exilió. Posteriormente, se desempeñó como Director del Departamento del Archivo Histórico de la Secretaría de Defensa Nacional; ocupó ese cargo hasta el día de su muerte. Entre sus actividades militares se sabe que se incorporó a la Revolución mexicana en su estado natal bajo las órdenes del Cor. Domingo C. Magaña quien, en 1911, lo ascendió a Teniente Coronel. Del 20 de enero al 10 de mayo de 1915, estuvo bajo las órdenes de los generales Carlos Greene y Salvador Alvarado. Comandante militar de la plaza de Peto, Yuc., del 11 de mayo al 24 de junio de 1915; en ese año, el Gral. Greene le otorgó el grado de coronel de infantería. En 1920, por acuerdo de Adolfo de la Huerta, presidente sustituto de la República, fue ascendido a General brigadier.
Comisionado para estudiar en los demás estados los mejores sistemas de enseñanza y su organización, sin perder su carácter de Jefe del Departamento de Educación Pública del Tabasco, del 15 de febrero al 28 de mayo de 1916. Desempeñó todas sus comisiones, incluso las especiales en su entidad de nacimiento, del 22 de mayo al 20 de octubre de 1916, al servicio del gobierno de Yucatán, sin dejar de pertenecer a las fuerzas del Gral. Salvador Alvarado.

Ocupó una curul como Diputado en el Congreso de la Unión, del 22 de mayo al 10 de junio de 1917; se reintegró a las fuerzas del Gral. Alvarado, del 11 al 17 de junio del mismo año. Del 18 de junio al 10 de septiembre de 1917, asumió el mando del Batallón Tabasco, el cual manejó y dirigió en la línea de fuego de la zona de la Chontalpa. La 4ª División del Noroeste le tuvo como su Jefe de Estado Mayor, del 15 de abril al 10 de junio de 1920, año en el que Adolfo de la Huerta lo nombró Inspector General de Policía del Distrito Federal, cargo que desempeñó del 11 de junio al 10 de diciembre.
Estuvo al frente del Estado Mayor de la 2ª División del Noroeste, del 11 de diciembre de 1920 al 12 de enero de 1921; asimismo, fue jefe interino de esa fuerza, del 13 al 31 de enero de 1921. Jefe del Estado Mayor de la Secretaría de Guerra y Marina, del 15 de febrero al 10 de diciembre de 1921. Nuevamente Jefe del Estado Mayor de la 2ª División del Noroeste, del 11 de febrero de 1922 al 28 de febrero de 1923. Mayor de órdenes de la plaza de México, D. F., del 15 de marzo al 20 de mayo de 1923. Obtuvo licencia absoluta del 21 de noviembre de 1923 al 25 de mayo de 1924. A finales de 1923, se unió a la revuelta delahuertista. A disposición del Estado Mayor de la Secretaría de la Defensa, se admitió su reingreso en 1942. En la plana mayor del ejército, fue dependiente de la Dirección General de Personal, del 10 de octubre de 1942 al 15 de julio de 1943. Comandante del IX Regimiento de la 3ª División de Infantería, del 16 de junio de 1943 al 15 de enero de 1945. Comandante de la 30ª Zona Militar, del 15 de marzo de 1948 al 15 de febrero de 1949. En 1945, el presidente Manuel Ávila Camacho lo ascendió a General de brigada. De nueva cuenta comandó la 30ª Zona Militar, del 15 de abril de 1951 al 20 de octubre de 1952. En 1951, el presidente Miguel Alemán le otorgó el generalato de división, el 12 de junio. Su hoja de servicios acredita su participación en 15 hechos de armas ocurridos en los estados de Oaxaca, Tabasco y Zacatecas.
Autor de varias obras: Reos sin pena, fechada en la cárcel de Belén, México, D.F., en 1910; Cimas y simas (1911); Vivir con honor o morir dignamente en México (1911); El porvenir de América Latina; Esbozo crítico en México (1912); La Revolución en Tabasco (1915); Alma tabasqueña, (Mérida, 1915); Desde la tribuna roja (México, 1916); Jesús ante la moral y el socialismo (1916); Al margen del feminismo (1918); Ardentia Verba (1918); Al correr de la pluma (1922); El combate del cañón de Corona (1923); El combate de Palo Verde (1925); Reseña crítica (1925); y un diccionario enciclopédico de Tabasco del que sólo alcanzó a redactar las fichas correspondientes a las letras A y B. Escribió algunas poesías, algunas de ellas se encuentran en el semanario Tabasqueño Gráfico, publicado en San Juan Bautista, de 1913 a 1915. Murió en la ciudad de México el 13 de febrero de 1958. Su nombre se encuentra inscrito en el muro de honor de la Cámara de Diputados de su estado natal.
En su honor, un parque en Villahermosa lleva su nombre, es conocido popularmente como «Los Guacamayas».
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