Los habitantes de Santa María de la Victoria, acosados por los piratas, se trasladan a la margen izquierda del río Grijalva, donde existía un pequeño caserío de pescadores denominado Tres Lomas, el 24 de junio de 1596 y al asentamiento le ponen el nombre de San Juan Bautista de Villahermosa. En 1598 recibe de Felipe II el Escudo de Armas, que es actualmente uno de los más antiguos de América; constituyéndose en la capital de Tabasco hacia 1795.
En el año de 1641, Villahermosa estaba poblada por 365 personas. En su Relación historial eclesiástica de la provincia de Yucatán de la nueva España el bachiller Francisco de Cárdenas Valencia, al referirse a la iglesia de Santa María de la Victoria y los beneficios que tiene, afirma que son:
El de San Juan de Villahermosa, con un Vicario in Cápite que lo es de toda la provincia de Tabasco, y para todas las cosas que se ofrecieron pertenecientes a la jurisdicción eclesiástica, y administra a 15 españoles y 150 mestizos, mulatos, negros e indios con otras doscientas personas.
El traslado de las autoridades se realizó al fin el 24 de junio de 1641; llevando consigo la imagen de la victoria, virgen María, que obsequió Cortés en marzo de 1519, el pendón real, el archivo y algunas armas.
Siendo alcalde Don Simón Rodríguez, ordenó que se construyera el Fortín de la Encarnación, que se erigió en el lugar que ahora ocupa el parque público llamado de “Los Pajaritos” en Zaragoza y 5 de Mayo, dándole nombre, más tarde, a la loma, al barrio y a la calle.
La categoría de Capital del Estado la adquiere en el año de 1795 y se trasladan aquí los tres poderes. Por esos días, con la excepción de dos, todas las casas de Villahermosa eran de seto y guano; en la actual calle de Juárez había una laguneta, lo mismo en la Plazuela del Águila rodeada de jaguactes y tintales; la plaza de armas estaba llena de zanjas; y hacia el río, en la hondonada en que hoy está el estacionamiento del gobierno del estado, donde antes fue la plazuela de Gálvez y después de Pasteur, estaba una laguna por la que arribaban a la plaza principal los rancheros o campesinos a vender alimentos y otros bienes como leña, carbón y jaguacte; a un lado de la laguna existía una casa que servia de cárcel, llamada de “Los Centinelas”.
En noviembre de 1808, el virrey de la Nueva España dispuso elegir el primer ayuntamiento de San Juan de Villahermosa, mismo que inició sus funciones el 1 de enero de 1809.
En 1810, mientras la nación se convulsionaba por el movimiento de independencia, el llamado de José María Jiménez, la única voz insurgente que se levantó en Tabasco, era acallada con la cárcel sin haber encontrado apoyo popular, debido a la extrema ignorancia que reinaba ante la ausencia de escuelas y la amenazadora presencia de las fuerzas militares realistas.
Luego de la firma del Plan de Iguala donde se reconoce la Independencia de México el 24 de febrero de 1821, del general Antonio López de Santa Anna,, comisionó al capitán Juan Nepomuceno Mantecón Almonte para libertar a los tabasqueños del gobierno español. De modo que el 7 de septiembre hizo su entrada triunfal a Villahermosa. Juan Nepomuceno quedó al frente del gobierno y convocó en noviembre de ese mismo año, a elegir el ayuntamiento de la capital, conforme a la Constitución de 1812.
Hasta entonces, la provincia de Tabasco dependía políticamente de Yucatán, por lo que se propuso al Congreso Constituyente que Tabasco tuviese diputación provincial, siendo aceptada la petición el 22 de noviembre de 1822.
El 27 de Octubre 1826 se eleva la capital de Tabasco al rango de Ciudad con el nombre de San Juan Bautista de Tabasco.
En 1885, la ciudad se dividía en cuatro barrios:
De Esquipulas: Compuesto por cuatro secciones y trece manzanas.
De La Concepción: Una sección y cuatro manzanas.
De Santa Cruz: De tres secciones y cuatro manzanas.
Y el del Centro: Compuesto de dos secciones y nueve manzanas.
Durante el siglo XIX la capital de Tabasco tuvo que enfrentar el acoso y ocupación de los invasores norteamericanos en 1847 y de los franceses en 1863, esta última ocupación culminada con el triunfo tabasqueño del 27 de febrero de 1864 que sirve como aniversario del principal logro militar de los tabasqueños ante un ejército invasor y representa la más importante fiesta cívica local que se celebra en el estado.
Durante los primeros años de la época porfirista continuó la inestabilidad política en el estado, sin embargo gradualmente fueron dándose las condiciones para que pudieran llevarse a cabo acciones de gobierno que empezaron a mostrar algunos signos de progreso para la ciudad como la introducción del alumbrado eléctrico, la instalación de una línea telegráfica y varias vías férreas; asimismo se dio gran impulso a la educación.
En 1885 la población estimada de Centro es e nueve mil 365 habitantes; la mancha urbana es de 160 has. Dividida en tres: San Juan Bautista 110; Atasta de Serra 30 y Tamulté de las Barrancas 20 has. Equipamiento: Plaza de la Constitución, puente Zaragoza, iglesias de La Concepción y de la Santa Cruz, Catedral, Obispado, Cementerio, Instituto Juárez, Hospital Civil, cuartel, teatro, caminos de la Sierra, Atasta, Chontalpa, Tierra Colorada y Maluco, y la Cruz Verde.
Además, se fundó el Instituto Juárez en 1879, se estableció la sucursal del Banco Nacional de México en 1886, se inauguró el Palacio de Gobierno en 1896, se creó el Banco de Tabasco en 1900, se fundó la Escuela Normal para Profesoras en 1904 y en ese mismo año fue inaugurado el Jardín Benito Juárez; en 1906 se culmina la construcción del mercado Porfirio Díaz (después llamado mercado Pino Suárez); y en 1910 se construyen el Parque de La Paz y el Parque Hidalgo.
Durante la revolución maderista la ciudad de San Juan Bautista permaneció bajo el control del ejército federal. El 20 de noviembre de 1911, durante su gira proselitista arribó a San Juan Bautista el candidato presidencial Francisco I. Madero, acompañado del tabasqueño José María Pino Suárez, candidato a la vicepresidencia.
Luego de los asesinatos de Madero y Pino Suárez en febrero de 1913, el general Victoriano Huerta. El nuevo gobernador general Agustín Valdés de origen cubano, tuvo que enfrentarse a los levantamientos armados afiliados al carrancismo que se dieron en los Ríos y en la Chontalpa.
Fuentes: